다주택자가 2009년 3월16일～2012년 12월31일 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 이후 양도할 때 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 유권해석이 나왔다. 

기획재정부의 지난 17일 질의회신에 따르면, 다주택자인 A씨는 2009년 5월13일 취득한 서울 강남구 압구정동 소재 B주택을 2018년 7월30일 양도하고 기본세율을 적용해 양도소득세를 신고했다가 중과세율과 장기보유특별공제 미공제를 적용해 수정신고했다. 서울 압구정동은 2017년 11월10일 주택법 제63조의2에 따라 조정대상지역으로 지정됐다. 

A씨는 지난해말 B주택에 적용되는 세율과 관련해 중과세율을 적용하지 않고 기본세율을 적용한다는 기획재정부의 변경된 예규가 나오자 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용해 달라는 경정청구를 냈다.  

이와 관련, 기재부는 지난해 12월26일 기존 입장을 뒤집는 예규를 내놓았다. 2009년 3월16일～2012년 12월31일 중 취득한 주택의 소재지가 추후 조정대상지역으로 지정되고 2018년 4월1일 이후 양도한 경우 중과세율을 적용하지 않고 기본세율을 적용한다는 내용이다. 당시 장기보유특별공제 적용 여부에 대한 내용은 포함되지 않았다. 

A씨는 다주택자가 소득세법 부칙 제14조에 따라 기본세율을 적용받는 조정대상지역 내 주택( 2009년 3월16일～2012년 12월31일까지 취득)을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지를 물었다. 

기재부는 이에 대해 "2009년 3월16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후 주택법에 따른 조정대상지역으로 지정된 상황에서 다주택자가 해당 주택을 2018년 4월 1일부터 2022년 5월 9일까지 양도하는 경우에는 소득세법 제95조제2항 규정에 따라 장기보유 특별공제가 적용되지 않는다"고 회신했다.