국세청 납보위 "조사 중단"…납세자보호위원회 심의 사례

 

법인통합조사를 실시하면서 주주들의 주식 명의신탁 혐의 소명을 요청해 추징세액 없이 종결됐는데 또다시 주식 명의신탁 혐의, 자녀에게 우회증여한 혐의가 있다며 주식변동조사에 착수했다가 국세청 납세자보호위원회가 조사를 중단시킨 사례가 공개됐다.

 

납세자가 권리보호심의 요청을 하자 지방청 납세자보호위원회는 주식변동조사가 실시됐다고 볼 수 없다는 입장을 내놓았다. 법인 통합조사시 주주들에게 주식변동 관련 취득자금, 양도가액 적정 여부에 관해 질문·조사권을 행사한 사실이 없다는 것.

 

그러나 국세청 납세자보호위원회의 판단은 달랐다. 법인통합조사시 이미 주식 명의신탁 혐의에 대해 적극적인 질문·조사권을 행사했다고 봐야 하므로 이후 실시하는 2차 주식변동조사는 중복조사에 해당한다고 밝혔다.

 

다음은 20일 국세청이 밝힌 국세청 납세자보호위원회 심의 사례.

 

 

甲법인은 2017년 8월 사업 개시를 위해 석달 전인 같은 해 5월 사업장 포괄양수계약서를 작성하고 2019년 1월 포괄양도하는 계약서를 작성했다.

 

이후 조사청은 외형상 포괄양수 계약이나 실제로는 고정자산의 양수계약으로 세금계산서 미발급(미수취) 혐의 및 영업권 미계상 혐의가 있다고 보고 다른 과세기간까지 범위 확대를 신청했다.

 

지방청 납세자보호위원회는 조사대상기간 이외 기간의 구체적인 세금 탈루 혐의를 인정해 조사범위 확대를 승인했다.

 

그러나 국세청 납세자보호위원회는 2017년 범위 확대는 타당하나 사업장 양도시점인 2019년은 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되지 않았다며 범위 확대를 일부만 승인했다.

 

 

1차 세무조사 당시 조사대상 과세기간 외의 과세기간에 대해 자료 요청 및 포괄적인 질문검사권을 행사해 실질적으로 세무조사를 실시했는 데도 2차 세무조사 대상자로 선정하자 제동을 건 사례도 있었다.

 

甲법인은 2016년 2012 사업연도 정기 법인통합조사를 받았다. 이때 조사대상 과세연도 2012년 전후 2011, 2013~2015년 과세연도까지 자료 요청을 받고, 과세기간 외인 2015사업연도 법인세 등을 수정신고했다.

 

그러나 법인은 4년 뒤 또다시 2015, 2017사업연도에 대해 정기법인 통합조사를 실시한다는 내용의 세무조사 사전통지를 받았다.

 

지방청 납세자보호위원회는 2차 세무조사 대상자 선정은 위법하다며 납세자의 손을 들었다. 2015사업연도 법인세 등 수정신고가 1차 세무조사 종결 전에 신고·납부가 이뤄진 점으로 보아 사실상 1차 세무조사 당시 2015사업연도에 대해 실질적인 세무조사가 실시된 것으로 볼 수 있다는 것.

 

그러면서 2016년 1차 세무조사 당시 지방청은 조사대상 과세기간 전·후 사업연도에 대해 법인의 매출 및 일반관리비 제계정에 자료 요청 및 포괄적인 질문검사권을 행사했다고 판단했다.

 

 

지방청은 수년전 甲법인과 乙법인에 대해 2012~2014사업연도 법인 통합조사를 실시했다. 이 조사기간 중 2015사업연도로 조사범위를 확대했다.

 

얼마 후 2015~2018 사업연도에 대한 법인 통합조사를 실시하면서 2015사업연도에 甲법인이 특수관계자인 乙법인에게 가공매출한 혐의가 있다고 보고 2차 세무조사에 나섰다.

 

그러나 지방청 납세자보호위원회는 조세탈루 혐의의 개연성을 뒷받침할 만한 명백한 자료가 있는 경우로 볼 수 없어 중복조사에 해당한다는 심의 결과를 내놓았다. 2차 세무조사 선정 당시 조사청이 주장하는 2015사업연도에 대한 조세탈루 혐의 내용은 단순 세금계산서 발행내역과 전산자료를 분석하는 사항에 불과하다는 판단에서다.