연구·인력개발비 세액공제는 내국법인과 거주자가 연구·인력 개발에 투자하는 비용의 일정액을 법인세(소득세)에서 공제해 주는 제도다.

그러나 타 사의 국가 연구개발 과제 내용을 복제·재현하거나 위탁받아 수행한 연구개발 활동은 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외된다. 주주인 임원을 전담연구원으로 등록해 인건비를 지급하거나 연구전담부서로 등록되지 않은 기업에 지출한 위탁개발비, 연구시설 건물 임차료를 재료비로 계정과목 분류하는 경우도 제외대상이다.

법인 A는 검사용 부품을 개발한다며 국세청에 연구·인력개발비 세액공제를 신청했으나 인정받지 못했다. 국세청 심사 결과, 법인 A는 국가 연구개발 과제로 법인 B가 개발 완료해 공개된 연구내용을 그대로 복제해 국세청에 연구개발 보고서로 제출한 것으로 드러났다. 

위탁받아 수행한 연구개발비도 공제 제외대상이다. 한 업체는 다른 업체로부터 위탁받아 부품을 개발하고 연구개발전담부서 연구원의 인건비 및 시제품 제작비 수억원에 대해 국세청에 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 그러나 이는 실패의 위험과 결과물의 소유권이 모두 위탁업체에 있으므로, 수탁업체는 자체적 연구 활동 여부에 관계없이 연구개발 활동으로 인정되지 않는다. 

국세청은 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 비용을 신청하는 사례도 공개했다.

한 법인은 대표이사와 상무이사를 전담연구원으로 등록하고 인건비 수억원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 이들은 법인주식 10%를 넘게 갖고 있는 주주기도 했다.

그러나 주주인 임원으로서 해당 법인의 주식을 10% 초과 보유하는 전담연구원은 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 않는다.

또다른 법인은 연구전담부서로 등록되지 않은 법인에 연구과제 개발을 위탁하고, 지출한 위탁개발비 수억원을 연구·인력개발비 세액공제 신청했다. 그러나 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하지 않은 경우는 세액공제를 받을 수 없다.

연구시설 건물 임차료는 연구·인력개발비 세액공제대상이 아니라는 점도 유의해야 한다. 

한 제조업체는 연구소 건물의 임차료 수억원을 재료비로 계정과목 분류해 연구·인력개발비 세액공제 신청했다. 그러나 공제대상인 연구·시험용 시설의 임차비용은 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계․시험기기 등만 해당된다.