“관할세무서장이 아닌 지방국세청장의 해명안내문을 받고 수정신고를 했으므로 가산세 감면을 해줘야 한다.”

“지방국세청장의 소명요구에 따라 수정신고한 경우도 가산세 감면 제외사유에 해당한다.”

지방국세청장의 해명요구에 따라 수정신고를 하면서 가산세 50% 감면을 적용했는데, 뒤늦게 과세관청이 가산세 감면 적용대상이 아니라며 경정고지를 한 사건이 국세청 심사청구 대상에 올랐다.

3일 국세청에 따르면, 경기도에서 건설장비 도매업을 하던 A기업은 지난 2015년 임원 급여 연봉제 전환에 따른 퇴직금 중간정산을 했는데, 이듬해 지방국세청 성실납세지원국으로부터 퇴직금 중간정산이 현실적인 퇴직에 해당하지 않는다며 해명안내문을 받았다.

이에 A기업은 곧바로 퇴직금을 손금불산입하는 내용의 법인세 수정신고를 하면서 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에 해당하는 것으로 봐 신고불성실 가산세 50% 감면을 적용해 2015 사업연도 법인세를 수정신고·납부했다.

그런데 별안간 감사원 감사에서 이 문제가 불거졌다.

감사원은 2018년말 해당 지방국세청에 대한 기관운영감사에서 A기업이 지방국세청장의 해명 안내를 받고 수정신고를 했기 때문에 가산세 감면 적용대상이 아니라고 지적했다. 이에 과세관청은 지난해 8월 신고불성실 가산세 50% 감면적용을 배제하고 법인세 440여만원을 경정고지했다. 이에 A기업은 국세청에 심사청구를 냈다.

국세기본법 제48조에 따르면 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면토록 규정하고 있다. 다만 과세표준과 세액을 ‘경정할 것을 미리 알고’ 수정신고서를 제출하는 경우는 제외하고 있다. 또한 시행령 제29조에서는 ‘경정할 것을 미리 알고 제출한 경우’에 대해 해당 국세에 관해 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고를 제출한 경우로 규정하고 있다.

이에 대해 국세청은 “시행령 29조는 본법 48조에서 가산세 감면 제외사유에 대해 대통령령으로 정한다는 명시적 위임이 되지 않은 사항으로 위임입법의 한계에 관한 원칙이 적용될 여지가 없어 예시적인 규정으로 볼 수 있다”고 밝혔다.

또 “법인세법 시행령에서는 ‘경정이 있을 것을 미리 알고’에 대해 ‘관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우’를 규정하면서 그밖의 유사한 경우도 해당한다고 규정하고 있어 지방청장의 해명안내문을 받고 수정신고한 경우도 가산세 감면 제외사유에 해당한다”고 결정했다.